In het derde leerjaar, ook wel klas 9 genoemd, werken leerlingen van het Bernard Lievegoed College in een homogene groep. Alle vakken worden op hetzelfde instructieniveau aangeboden, wat zorgt voor gerichte begeleiding. Deze fase is cruciaal ter voorbereiding op de bovenbouw, waar leerlingen hun studiekeuze definitief maken door een profiel te kiezen. Het kiezen van een profiel op het Bernard Lievegoed College is een belangrijke stap. Leerlingen koppelen hierbij hun persoonlijke interesses en talenten aan een mogelijke vervolgopleiding of toekomstig beroep. Deze belangrijke keuze wordt ondersteund door de mentor en de decaan, die leerlingen adviseren en begeleiden bij het maken van de juiste profielkeuze. Voor vmbo-tl leerlingen biedt het Bernard Lievegoed College vier uitdagende profielen aan: Techniek, Zorg & Welzijn, Landbouw en Economie. Havo- en vwo-leerlingen kunnen kiezen uit de profielen Cultuur en Maatschappij (CM), Economie en Maatschappij (EM), Natuur en Gezondheid (NG) of Natuur en Techniek (NT). Bovendien is er de mogelijkheid om een extra vak te kiezen, wat een weloverwogen beslissing is om de academische horizon te verbreden. Leerlingen in het vmbo-basis en vmbo-kader traject starten vanaf het derde leerjaar met het profiel Dienstverlening & Producten (D&P). Deze leerlingen, die al sinds leerjaar 1 (klas 7) in een homogene groep zitten, behouden deze samenstelling doorgaans tot aan hun eindexamen, wat zorgt voor een stabiele en ondersteunende leeromgeving.